Tal dia com avui, el 13 de maig del 1640, els caps dels terços que hi havia a Girona comunicaven al virrei que acataven les seves ordres, però: “…partiremos mañana, no haviendolo podido azer oi, atento se ha ido juntando el bagaje para llevar las munisiones de biberes i de guerra...”, l’expedició de càstig a Sta. Coloma de Farners s’ajornava un dia més, per preparar el transport de les municions i els queviures.
A la catedral de Girona es celebrava la següent cerimònia:
“Diumenge a 13 de Maig de 1640 haventse preparat cadira pontifical per lo Sr. Bisbe a la part dreta ço es la part de tremontana dos cadires rases o tabulets per los assistents, vanchs ab apatllera o escons per lo clero a la matexa y altres per los Jurats y Governador Cavallers y promens de la Ciutat en front destos ço es a la part de migdia tots cuberts de bajetas negras, y posada una troneta tambe a la part de migdia devant la cadira del senyor bisbe, contra la pared del cor, al costat de la porta devant del Cristo. Isque lo Senyor Bisbe de la Thesoreria vestid de Pontifical assistinli don Francesch Aymerich cabiscol major y lo Thesorer Joan Pau Verges y Deu altres canonges y ab pluvials negres y los demes canonges y beneficiats ab son habit de cor, se publicaren excomunicats anathemitzats y maleits los sacrilegos invasores y incendiaris soldats del tercio de Don Leonardo Moles qui cremaren la Iglesia Parroquial de Riudarenes y lo Santissim Sagrament en ella reservat y se posa entredit en esta Ciutat y tot lo Bisbat de Gerona, y en lo demes se feren las mateixas cerimonias ques feren a 6 de agost de 1630 per ocasio del robo se feu en la iglesia del lloch de Vilademat de la custodia del Santissim Sagrament y hostias consagradas que estavan en ella reservadas”. ACG, resolucions capitulars, vol. 23 fol. 172.
El bisbe de Girona, el Gallec Gregorio Pacero, excomunicà solemnement el terç de Leonardo de Moles. A la catedral hi havia tot el poble, presidit pels jurats, cavallers i prohoms, tots vestits de negre. El governador de Catalunya, Ramon de Calders, que es trobava a Girona, hi fou convidat però va excusar diplomàticament la seva assistència. Això sol ja indicava la càrrega política evident que tenia aquest acte i espectacle religiós en aquestes circumstàncies.
El bisbe, assistit pel vicari general i deu canonges més, tots amb capa pluvial negre, va proclamar “excomunicats, anatemitzats i maleïts” els soldats que havien cremat l’església i el sagrament a Riudarenes. El bisbe i els canonges prengueren tretze candeles enceses que van llençar a terra i van trepitjar, es donaren tretze pedres als mateixos canonges i es van dirigir, en processó, a la porta de la catedral, cantant el salm: “Deus, laudem meam ne tacueris”, és un salm que demana la venjança divina i expressava el rebuig i la condemna de l’església contra els sacrílegs i heretges. Al replà de la porta principal, la processó s’aturà; el bisbe i els celebrants llençaren amb ímpetu les pedres i les candeles escales avall. Durant la cerimònia les campanes tocaven a dol. (extret de: Joan Busquets, la Catalunya del barroc vista des de Girona).
El dia 7 varem veure com el virrei volia inhabilitar el bisbe de Girona, no ho aconseguí.
El bisbat, indignat perquè l’audiència reial ben poc havia fet per descobrir els autors de la crema i castigar-los, decidia excomunicar tot el terç d’en Moles.